崇左市具有沿边、沿江、沿铁路、近海港的区位优势，交通十分便利。湘桂铁路、322国道贯穿南北，是广西乃至大西南通往越南及东南亚各国最大最便利的陆路大通道，是中国南部边境线上唯一有干线铁路、公路与国内大交通网相连接的陆路口岸城市；是莫斯科-北京-河内国际铁路联运的交接点，也是贯通中国与东盟两大市场的交汇处。随着友谊关恢复通关、通车和中越铁路客（货）国际联运的恢复运行，崇左市作为中国通往越南及东南亚各国最大最便利的陆路大通道的区位优势将日益突出。

    铁路  湘桂铁路经本市的扶绥、江州、宁明、凭祥四个县（市）、区，北通国内各省（市）、自治区，南达越南及东南亚各国。境内设有12个火车站。

    公路  322国道经过扶绥、江州、宁明、凭祥四个县（市、区），并与越南干线公路相连。通过边境建设大会战，使边境地区实现了县县通二级路、乡乡通柏油路、村村通公路的目标。南友高速公路已于2005年12月28日正式通车，贯穿崇左南北。同时，全市规划建设“四横五纵”公路网，即建设德天-那桐、水口-南宁（沙井）、凭祥-大寺、爱店-东兴、田东-夏石、平果-爱店、隆安-桐棉、那坡-防城港、德保-扶绥等9条二级公路，构建一崇左市为中心的通往个县（区、市）、县（区、市）通往各乡（镇）、相临县（区、市）互通的1小时交通圈。

    水运  流经本市的河流有左江、明江等，船航运可直达南宁、广州、香港以至出海。