机构设置：

　　办公室
　　协调局机关政务、事务；负责综合调研、文秘、信访、信息、保密、保卫、档案、财务及后勤管理工作；组织参与卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流与卫生援外工作；研究起草地方卫生规范性文件；负责全市卫生体制改革并就重大问题进行调查研究；负责对直属单位国有资产的监管和财务、审计工作；协调指导全市卫生系统基本建设工作；负责各项卫生专项经费的预决算和使用监督的具体工作；负责卫生信息统计工作。

　　人事科
　　负责机关及直属单位党群和纪检、监察工作；负责医德、医风建设；按干部管理权限，负责直属单位领导班子和机关干部的考核任免和报批工作。指导全市卫生系统人事制度改革工作和队伍建设工作；承办并指导机关、直属单位人事、劳动工资和机构编制的管理工作；承办全市卫生系统专业技术职务考评工作；承办机关及直属单位离退休干部的管理和服务工作；负责直属单位干部、职工统计和管理权限内干部档案管理工作；负责直属单位高级专业技术人员管理工作。

　　医政科
　　研究指导全市医疗机构改革；拟定医疗机构发展规划和政策；负责实施地方性医疗法规；监督管理医疗护理技术质量标准、医务人员执业标准、服务规范和质量的实施工作；依法监督管理血站，单采血浆站的采供血及临床用血质量；负责急诊、急救工作的指导、协调、组织工作；负责中医药体制改革和中医医疗管理工作；负责医疗信访工作；负责医疗广告、义诊的审核管理工作；负责市管保健对象的医疗保健工作；负责医学继续教育、医务人员培训、提高及考核工作；负责管理、协调全市卫生科技工作。

　　基层卫生、妇幼保健和疾病预防控制科
　　研究拟定传染病、地方病、慢性非传染性疾病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施；组织对重大传染病、地方病的综合防治；组织全市卫生技术力量对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延；协调并指导健康教育工作。研究拟定全市卫生监督工作的政策；监督实施卫生法律、法规、技术规范和标准；负责卫生执法监督工作；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生工作；指导全市职业病防治工作。研究拟定并组织实施农村卫生、社区卫生服务的发展规划；指导初级卫生保健规划的实施；指导城市基层卫生服务体系的改革；组织落实妇幼卫生和提高出生人口素质的发展规划、政策措施和技术标准；负责全市妇幼卫生执法监督工作；指导全市妇幼卫生信息统计（含“三网监测”）工作；配合计生行政部门做好计划生育技术服务工作。

　　爱国卫生运动委员会办公室
　　承办崇左市爱国卫生运动委员会的日常工作，组织开展多种形式的卫生创建活动；负责健康教育管理工作，普及卫生科学知识；组织开展农村改水、改厕工作；配合有关部门做好除“四害”药械货源、供销管理工作。
 
主要职责：
　　(一)贯彻执行国家和自治区确定的卫生工作方针、政策、法律、法规和技术标准。
　　(二)研究制定并实施全市卫生事业发展规划；统筹规划与协调全市卫生资源配置；组织实施社区卫生服务标准。
　　(三)研究制定农村卫生、妇幼卫生工作规划和政策；指导初级卫生保健和母婴保健专项技术的实施。
　　(四)贯彻预防为主的方针，指导全民健康教育；制定对人群健康危害严重疾病的防治规划；组织对重大疾病的综合防治。
　　(五)依法监督管理传染病防治和食品、化妆品、职业、环境、放射、学校卫生工作。
  　　(六)组织调度全市卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生、蔓延。
　　(七)研究指导医疗机构改革；组织实施医务人员执业标准、医疗质量标准和服务规范；负责核发医务人员资格认证和医疗卫生机构从业许可证工作；指导全市中医药事业发展。
　　(八)依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量。
　　(九)研究制定全市卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范；组织实施全市卫生系列专业技术职务考评工作；组织落实医学卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流与卫生援外工作。
　　(十)研究制定全市重点医学科学研究和学科发展规划；指导医学科技成果的普及和应用工作；主管全市医学教育工作。
　　(十一)负责对直属单位国有资产的监管和财务、审计工作；指导全市卫生系统的基本建设工作；负责全市卫生事业专项经费的预决算和使用监督工作。
　　(十二)负责市确定的保健对象的医疗保健工作。
　　(十三)承担市爱国卫生运动委员会的日常工作。
　　(十四)承办自治区卫生厅、市人民政府交办的其他工作事项。

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